1. 대용납입이 인정되는 경우
신주사채의 신주인수권이 행사된 경우 이에 따라 신주가 발행되는데 그 신주의 발행가액의 납입방법에 따라 대용납입이 인정되는 것과 대용납입이 인정되지 않는 것으로 구분된다. 대용납입이 인정되는 경우에는 사채권자의 선택에 따라 사채상환에 갈음하여 그 발행가액(사채권면액)으로 납입에 충당하는 것이다. 이 경우 사채는 소멸하므로 사채권을 회사에 제출하면서 신주인수권을 행사하여야 한다. 사채의 상환기한이 도래하지 않았어도 무방하다.
신주의 납입금액을 사채금으로 대용납입하는 경우 전환사채의 주식전환과 유사하게 된다. 다만, 전환사채의 경우에는 무조건 전환사채금으로 납입을 갈음하는데 반하여, 신주사채의 대용납입의 경우에는 사채권자가 대용납입 여부를 선택할 수 있다는 점에서 차이가 있다.
따라서 대용납입이 인정되는 경우에는 사채권자의 의사에 따라 대용납입을 할 수도 있고, 대용납입하지 않고 별도 금전으로 납입할 수도 있다. 사채권자에게 대용납입을 허용할 경우에는 이사회 결의시 “신주인수권을 행사하려는 자의 청구가 있는 때에는 신주인수권부사채의 상환에 갈음하여 그 사채금으로 신주발행가액의 납입이 있는 것으로 본다”는 뜻을 결의하여야 한다.

2. 대용납입이 인정되지 않는 경우
대용납입이 인정되지 않는 신주사채의 경우에는 신주인수권을 행사하려면 신주의 발행가액 전액을 금전으로 납입하여야 한다. 실무상 별도납입이라 한다. 이사회가 신주사채를 발행할 때 명시적으로 대용납입을 언급하지 않으면 별도납입 형태가 된다. 상법은 별도납입형태를 기본으로 하고 있다.
별도납입형인 경우에는 사채청약서, 사채원부, 채권증권 또는 신주인수권증권에 주금납입을 맡은 은행과 납입장소를 기재하여 공시하여야 한다. 별도납입의 경우 신주인수권을 행사하려는 자는 행사기간내에 신주인수권행사청구서 2통과 결합형인 경우에는 채권을 제시하고, 분리형인 경우에는 신주인수권증권을 회사 또는 명의개서대리인(실무에서는 각자 거래하는 증권회사)에 제출하여야 한다. 동시에 신주발행가액 전액을 납입하여야 한다. 별도납입한 경우 사채는 그대로 존속한다. 다만, 신주사채는 아니고 일반사채로 전환되어 존속한다.

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